Sâu bệnh thường được giữ ở số lượng thấp sẽ nhân nhanh chóng trong sự vắng mặt của kẻ thù của họ. Các giải pháp phổ biến nhất cho vấn đề này là trong một phương pháp thay thế không được sử dụng để thuốc trừ sâu hóa học, kiểm soát sinh học.

Một trong những vấn đề phát hiện sớm nhất, là sâu bệnh có thể và cuối cùng trở nên kháng với các hóa chất. Khi phun hóa chất, hầu hết các loài gây hại sẽ hoàn toàn nhạy cảm . Tuy nhiên, không phải tất cả các loài gây hại đều bị giết, một số có sự thay đổi nhỏ về cấu trúc di truyền của chúng có tính kháng và do đó tồn tại. Mỗi thế hệ kế tiếp của các loài gây hại còn lại sẽ có cùng di truyền kháng thuốc trừ sâu và cuối cùng sâu bệnh sẽ trở nên hoàn toàn kháng thuốc trừ sâu. Không biết làm thế nào để đối phó với vấn đề này, nông dân thường tăng sử dụng thuốc trừ sâu của họ, gây ra vấn đề hơn nữa. Khi sức đề kháng không phải là một vấn đề, thuốc trừ sâu nói chung có hiệu quả cao trong việc kiểm soát sâu bệnh nếu các nhược điểm khác được tính đến.

Một vấn đề ít được biết đến mà môi trường phải đối mặt là kết quả của thuốc trừ sâu được gọi là ' chất ô nhiễm hữu cơ bền vững ' (POPs). POPs tiếp tục độc hại các sinh vật không mục tiêu trong môi trường và có thể làm tăng cơ hội cho con người bị gián đoạn trong hệ thống nội tiết , ung thư , vô sinh và tác dụng gây đột biến , mặc dù rất ít được biết về những tác dụng lâu dài này.

Do những rủi ro sức khỏe có thể xảy ra sau việc sử dụng máy phun thuốc công nghiệp, chi phí phát triển thuốc trừ sâu mới đã tăng lên với tốc độ ngày càng tăng nhanh trong những năm gần đây. Các quy định của chính phủ đã trở nên nghiêm ngặt hơn, làm chậm tốc độ phát triển và làm tăng chi phí của các sản phẩm mới. Sự gia tăng các vấn đề về sức đề kháng sâu bệnh cũng dẫn đến tuổi thọ thị trường ngắn hơn đối với nhiều loại thuốc trừ sâu hơn trước đây. Tất cả những yếu tố này dẫn đến chi phí cao hơn và có khả năng giảm lợi nhuận cho các công ty hóa chất và nông dân.

Mặc dù tất cả những hạn chế đi kèm với kiểm soát hóa chất của sâu bệnh, vẫn còn nhiều lý do có thể thuyết phục nông dân vẫn chọn sử dụng chúng:

Ưu điểm lớn nhất của thuốc trừ sâu là chúng sẵn có và rất dễ sử dụng, không giống như phương pháp thay thế, chẳng hạn như kiểm soát sinh học và các phương pháp tương tự khác có thể mất nhiều thời gian để lên kế hoạch và thường không gây ảnh hưởng trực tiếp đến sâu bệnh.

Khi sâu bệnh phải được kiểm soát trên diện tích đất rộng lớn, may phun thuoc stihl thuốc trừ sâu chứng tỏ là rất hiệu quả về chi phí, kể cả khi cần ít lao động hơn để duy trì quá trình thuốc trừ sâu. Hiệu quả chung của chương trình và lợi ích kinh tế của nó được tăng lên rất nhiều khi thuốc trừ sâu được sử dụng theo cách làm giảm khả năng sâu bệnh trở nên kháng với các hóa chất được sử dụng để chống lại chúng. Nếu tất cả các biện pháp phòng ngừa chính xác được sử dụng, bao gồm việc sử dụng không quá mức khuyến cáo, thì việc kiểm soát hóa chất gây hại có thể được sử dụng một cách hiệu quả.

Tuy nhiên, khi những nhược điểm của thuốc trừ sâu vượt trội hơn những lợi thế, nông dân tìm đến các phương pháp kiểm soát dịch hại thay thế, biện pháp kiểm soát dịch hại sinh học phổ biến nhất . Không giống như may phun thuoc tru sau hóa học, biocontrol sử dụng phương pháp tự nhiên để chống lại sâu bệnh; tức là loài săn mồi tự nhiên của loài gây hại. Ưu điểm rõ ràng nhất của phương pháp này đối với thuốc trừ sâu là sự cân bằng tự nhiên trong hệ sinh thái vẫn còn khá không bị xáo trộn. Khi thuốc trừ sâu được đưa vào sử dụng, nó không chỉ là loài gây hại có thể bị ảnh hưởng, mà còn là những loài săn mồi tự nhiên của chúng; cuối cùng sâu bọ thậm chí có thể trở lại trong lực lượng nhiều hơn, như kẻ thù tự nhiên của họ không xung quanh để ngăn chặn chúng nữa.